Zugänge
- Jean Zimmer (1. FC Kaiserslautern)
- Simon Terodde (VfL Bochum)
- Marcin Kaminski (Lech Posen)
- Benjamin Uphoff (U23)
- Matthias Zimmermann (U23)
- Jens Grahl (TSG Hoffenheim)
- Anto Grgic (FC Zürich)
- Hajime Hosogai (Hertha BSC)
- Tobias Werner (FC Augsburg)
- Hans Nunoo Sarpei (Liberty Professionals Accra)
- Takuma Asano (FC Arsenal, Ausleihe)
- Benjamin Pavard (OSC Lille)
- Carlos Mané (Sporting Lissabon, Ausleihe)
- Julian Green (FC Bayern München, Dezember 2016)
- Ebenezer Ofori (AIK Solna, Januar 2017)
- Josip Brekalo (VfL Wolfsburg, Januar 2017, Ausleihe)
- Jérôme Onguéné (FC Sochaux, Januar 2017)
Abgänge
- Daniel Schwaab (Vertragsende)
- Georg Niedermeier (Vertragsende)
- Martin Harnik (Vertragsende)
- Daniel Didavi (VfL Wolfsburg)
- Timo Werner (RB Leipzig)
- Federico Barba (FC Empoli, Ende Ausleihe)
- Artem Kravets (Dynamo Kiew, Ende Ausleihe)
- Lukas Rupp (TSG Hoffenheim)
- Przemyslaw Tyton (Deportivo La Coruna)
- Arianit Ferati (Hamburger SV)
- Serey Dié (FC Basel 1893)
- Filip Kostic (Hamburger SV)
- Jan Kliment (Bröndby IF, Ausleihe)
- Stephen Sama (SpVgg Greuther Fürth, Januar 2017)
- Philip Heise (SG Dynamo Dresden, Januar 2017)
- Toni Sunjic (US Palermo, Januar 2017, Ausleihe)
- Kevin Großkreutz (Vertragsauflösung März 2017)
- Hajime Hosogai (Kashiwa Reysol, März 2017)